Didirikan sejak tanggal 1 Mei 1960 dengan nama Fakultas Pertanian dan Peternakan yang bernaung dalam Universitas Sulawesi Utara yang berbentuk swasta. Pada tahun 1961 Universitas Sulawesi Utara beralih status menjadi Universitas Negeri, pada tahun 1963 berganti nama Universitas Sulawesi Utara Tengah (UNSUT) dimana Fakultas Pertanian dan Peternakan terpisah menjadi dua fakultas.
Dekan Fakultas yang memimpin sejak berdirinya sebagai berikut: Dr. J.A. Kaligis (1960-1961), drh. W.J. Ratulangi (1961-1963), Ir. Ny. J.P. Lantang-Politon (1963-1967), Ir. J.L. Palenewen (1967-1973), Ny. J.P. Lantang-Politon (1973-1975), Ir. P.P. Pakasi (1977-1982), Ir. J.L. Palenewen, M.Sc (1982-1985), Dr. Ir. J. Warouw (1985-1992), Prof. Ir. Jopie Paruntu, MS, Ph.D (1992-1995), Prof. Ir. D.T. Sembel, B.Agr.Sc, Ph.D. (1995-2002), Prof. Ir. J.W.P. Mandagi, M.Sc, Ph.D. (2002-2006), Prof. Ir. D.T. Sembel, B.Agr.Sc, Ph.D. (2006—sekarang).
STUKTUR ORGANISASI & PROGRAM STUDI :
DEKAN : Prof. Dr. Ir. Jantje Pelealu, MS
PEMBANTU DEKAN :
Bidang Akademik : Dr.Ir. Olly Esry H. Laoh, MS
Bidang Administrasi Umum : Prof. Dr. Ir. Jantje Pongoh,MS
Bidang Kemahasiswaan : Ir. Joice A. J. Supit, MS.
Bidang Kerjasama : Ir. Erni J. N. Nurali, MS.
Program Studi S1:
1. AGRIBISNIS (Sosial Ekonomi Pertanian)
2. AGROEKOTEKNOLOGI:
2.1. Agronomi
2.2. Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan
2.3. Ilmu Tanah
3. TEKNIK PERTANIAN
4. ILMU DAN TEKNOLOGI PANGAN (Teknologi Hasil Pertanian)
5. KEHUTANAN