Dewan Penyantun
Dewan Penyantun yang keanggotaannya diangkat oleh Rektor dan diketuai oleh Gubernur Provinsi Sulawesi Utara, berfungsi membantu Rektor dalam berbagai kebijaksanaan yang menyangkut masyarakat umum di luar Unsrat, dalam hal :

1. Menjaga dan memelihata hubungan baik antara masyarakat dan instansi pemerintah dengan Unsrat.
2. Membina material Unsrat.
3. Membantu Unsrat dalam mengatasi kesulitan.

Pimpinan Unsrat
Universitas Sam Ratulangi dipimpin oleh Rektor, yang diangkat dan diberhentikan oleh Presiden atas usul Menteri setelah mendapat pertimbangan Senat Unsrat. Rektor sebagai penanggungjawab utama pada Unsrat di samping melaksanakan arahan serta kebijaksanaan umum, menetapkan peraturan, norma dan tolok ukur  penyelenggaraan pendidikan tinggi atas dasar keputusan Senat Unsrat.

Rektor Unsrat memimpin penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, membina dosen, mahasiswa, tenaga administrasi serta hubungan dengan lingkungannya. Dalam melaksanakan tugasnya, Rektor dibantu oleh enam orang Pembantu Rektor, yang masing-masing membidangi :

1. Pembantu Rektor Bidang Akademik (Pembantu Rektor I atau PR I )
2. Pembantu Rektor Bidang Administrasi Umum (Pembantu Rektor II atau PR II)
3. Pembantu Rektor Bidang Kemahasiswaan, Hubmas dan Alumni (Penbantu Rektor III atau PR III)
4. Pembantu Rektor Bidang Kerjasama dan Hubungan Internasional (Pembantu Rektor IV atau PR IV)
5. Pembantu Rektor Bidang Pengembangan dan Evaluasi Kinerja (Pembantu Rektor V atau PR V)
6. Pembantu Rektor Bidang Pengawasan (Pembantu Rektor VI atau PR VI)